音声キャプチャーにおいて、タイムアウト（timeout）を設定した場合、 常にその最大時間分が課金されますか？

いいえ、常に最大時間分が課金されるわけではありません。

timeoutパラメータはあくまで「音声キャプチャーの最大許容時間」の制限（リミット）として機能します。ユーザーが発話してセッションが早期に完了した場合、残りのタイムアウト時間はカウントされません。
（※ただし、ユーザーが全く発話せずにセッションが終了した場合は、タイムアウトとして設定した上限時間分がそのまま課金対象となります）